Baseado no terceiro arco principal da história do Stardust Crusaders, o jogo segue o adolescente Jotaro Kujo, que desenvolveu uma habilidade sobrenatural conhecida como " Stand ".

Abordado por seu avô, Joseph Joestar, Jotaro descobre que esse poder é resultado da influência do inimigo  da família Joestar, um vampiro chamado Dio Brando.

Como a vida de sua mãe é colocada em perigo quando ela começa a desenvolver um Stand que ela não pode controlar, Jotaro e Joseph partem em uma missão para destruir Dio para que possam curá-la.